Das Schweizerische Institut besitzt ein umfangreiches Archiv. Es umfasst den gesamten Privatnachlass von Ludwig Borchardt (1863-1938) und seiner Frau Emilie (Mimi) (1877-1948) sowie die Nachlässe der ehemaligen Institutsleiter Herbert Ricke (1901-1976) und Gerhard Haeny (1924-2010).

Grössere Konvolute des privaten und wissenschaftlichen Nachlasses des einstigen Veraltungsdirektors Etienne Combe (1881-1962) befinden sich ebenfalls im Schweizer Institut. Darin ist auch ein umfangreiches Briefkonvolut aus dem Nachlass des Arabisten Paul Kraus (1904-1944) enthalten, u.a. mit Korrespondenz von D.H. Baneth, Werner Caskel, Henry Corbin, Muhammad Hamidullah, Louis Massignon, Leo Strauss und Richard Rudolf Walzer..

Im Sommer 2018 erhielt das Institut den Privatnachlass des Arabisten Robert Rahn (1899- 1974) und seiner Frau Anne Rahn-Toberer. Robert Rahn, ein in Heidelberg promovierter Wirtschaftswissenschaftler, kam 1927 nach Kairo, wo er sich schnell die arabische Sprache aneignete und sich mit arabischer Philosophie und Literatur beschäftigte. Von 1947 bis 1966 arbeitete er an der Schweizerischen Botschaft, zuletzt als Conseiller culturel pour les questions arabes. Seine umfangreiche arabische Bibliothek befindet sich zusammen mit derjenigen von Etienne Combe in der Bibliothèque de Genève..

Im Schweizer Instituts befindet sich auch der noch erhaltene Archivbestand des Schweizer Clubs in Kairo (Cercle Suisse / Maison Suisse du Caire; 1894-1987) sowie kleinere Fotokonvolute aus dem Nachlass von Henri Meyer (1868-1943) und Warda Bircher Bleser (1905-2006)..

Darüber hinaus verwaltet das Schweizerische Institut das umfangreiche Schriftarchiv der Deutschsprachigen Evangelischen Gemeinde Kairo (1857-1977), der Deutschen und Schweizerischen Evangelischen Gemeinde Alexandria (1856-1992) und der Deutschen Seemannsmission e.V. Alexandria.

Das Archiv ist bisher nur eingeschränkt und nach Voranmeldung zugänglich. Es sind derzeit mehrere Projekte im Gange, einzelne Abteilungen des Archivs zu erschließen und die Bestände zu erfassen.