Das Schweizerische Institut besitzt ein umfangreiches Archiv. Es umfasst den gesamten Privatnachlass von Ludwig Borchardt (1863-1938) und seiner Frau Emilie (Mimi) (1877-1948) sowie die Nachlässe der ehemaligen Institutsleiter Etienne Combe (1881-1962), Herbert Ricke (1901-1976) und Gerhard Haeny (1924–2010). 
Im Nachlass von Etienne Combe befindet sich auch ein umfangreiches Briefkonvolut aus dem Nachlass von Paul Kraus (1904 – 1944), das u.a. Briefe von D.H. Baneth, Werner Caskel, Henry Corbin, Muhammad Hamidullah, Louis Massignon, Leo Strauss und Richard Rudolf Walzer enthält.

Darüber hinaus verwaltet das Schweizerische Institut auch das Schriftarchiv der Deutschsprachigen Evangelischen Gemeinde Kairo (1857-1977) sowie Restbestände des Archivs des Schweizer Clubs in Kairo (Cercle Suisse / Maison Suisse du Caire; 1894-1987).

Das Archiv ist bisher nur eingeschränkt zugänglich. Es sind derzeit mehrere Projekte im Gange, einzelne Abteilungen des Archivs zu erschliessen und die Bestände zu erfassen.